RNA pull-downll实验结果分析
RNA pull-down实验结果分析需要对所捕获的RNA结合伴侣进行进一步鉴定和确认。 一般来说,可以通过以下几种方法进行结果分析: 1. SD
RNA pull-down实验结果分析需要对所捕获的RNA结合伴侣进行进一步鉴定和确认。
一般来说,可以通过以下几种方法进行结果分析:
1. SDS-PAGE和质谱分析
通过聚丙烯酰胺凝胶电泳和质谱分析技术,可以将酸化时迁移起来的复合物(含RNA及其结合伴侣)从琼脂珠中洗出。之后可以利用两种方法将
RNA结合伴侣加以鉴别,其中SDS-PAGE可以确定是否有不同大小的蛋白质,而蛋白质质谱则可以更好地识别不同的蛋白质。
2. 免疫印迹/Northern Blot/PCR分析
针对某个特定的蛋白质或RNA序列,可以使用相关抗体、探针或引物来检测RNA结合伴侣。例如,在免疫印迹中可以使用西方均衡试验,通常可
采用多元组广谱抗体进行检测; 在北方印迹和RT-PCR分析中可以通过与RNA杂交或逆转录扩增来分离目标RNA分子。
3. 全基因组分析
通过扩大性分析,可以在pull-down实验中发现大量潜在的RNA结合蛋白质或RNA分子。最近,通过定向密集了解并且对全基因组探针进行逐一筛
查配对拉下实验证明神经退行性疾病(如帕金森氏症和肌萎缩侧索硬化)与多个mRNAs具有相同的RNA结合伴侣。