1、好氧菌：亦称需氧菌、需氧微生物。在有氧环境中生长繁殖，氧化有机物或无机物的产能代谢过程，以分子氧为最终电子受体，进行有氧呼吸。包括大多数细菌、放线菌和真菌。 进行有氧呼吸，但没有线粒体。如：链霉素、红霉素、弗兰克氏菌。
2、微好氧菌：性质：仅能在较低氧分压下正常生活的微生物。正常大气的氧分压为0.2Pa，而微好氧菌仅生活在0.01～0.03Pa下。例如发酵单胞菌属和弯曲杆菌属等。如： 醋杆菌属、 嗜酸菌属 、酸单胞菌属、热酸菌属、土壤单胞菌属、产碱菌属、交替单胞菌属、氨基杆菌属(胺杆菌属)、水螺菌属、氮单胞菌属、固氮根瘤菌属、固氮菌属
3、耐氧厌氧菌：代表菌种为溶组织梭菌。这类细菌不能利用氧，在无氧条件下生长好，而在有氧条件下生长不佳。如：破伤风芽胞杆菌。
4、专性厌氧菌：是指在无氧的环境中才能生长繁殖的细菌。此类细菌缺乏完善的呼吸酶系统，只能进行无氧发酵，不但不能利用分子氧，而且游离氧对其还有毒性作用。如破伤风杆菌、肉毒杆菌、产生荚膜杆菌等。只能在没有游离氧存在的环境中生存的微生物。甲烷菌即属此类细菌。人们利用甲烷菌等产生沼气，利用厌氧菌处理各种有机废物和废水。
5、兼性厌氧菌又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌。在有氧或无氧环境中均能生长繁殖的微生物。在有氧（O2）或缺氧条件下，可通过不同的氧化方式获得能量。如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精。许多肠道细菌，如大肠杆菌等均属此类。兼性厌氧菌 兼有需氧呼吸和无氧发酵两种功能，不论在有氧或无氧环境中都能生长，但以有氧时生长较好。大多数病原菌属于此。
