推荐:RNA快速提取一步法的建立
RNA是分子生物学研究的一个重要组成部分, 不论是cDNA文库的构建、RT-PCR、RNA序列分析、差异显示(mRNA differential display)、代表性差异分析 (representational Difference Analysis, RDA)、抑制性消减杂交(suppression Subtraction Hybridization, SSH)、Northern印迹分析、蛋白质的体外翻译等均依赖于高纯度完整的RNA。 因此, 如何获得高质量的RNA是研究人员关注的问题。1987年Chomczynski等 [1] 建立了酸-异硫氰酸胍-苯酚-氯仿一步法(acid-guanidine-phenol-chloroform, AGPC)。该方法较以往的传统方法操作简单,无需特殊的设备,抽提时间缩短至4 h,因而得到广泛的应用。数家公司据此开发出RNA提取试剂盒 [2,3] 。使用试剂盒简单方便,但价格相对昂贵。为探索操作简便、经济实用、快速有效的RNA提取方法,我们分析了大量相关文献资料,进行了多次实验,成功地研制出一种新型的RNA提取试剂,建立了其操作程序,我们称之为RNA快速提取一步法。其性能达到进口试剂盒的水平,但造价低廉、操作简便,特别适用于国内实验室。
1 材料与方法 1.1 试剂 变性液(4 mol . L -1 异硫氰酸胍,25 mmol . L -1 柠檬酸钠pH 7.0,5 g . L -1 十二烷基肌氨酸钠,0.1 mol . L -1 β-巯基乙醇),按文献[1]方法配制;2 mol . L -1 的乙酸钠;重蒸酚;氯仿;异丙醇;8-羟基喹啉;柠檬酸;柠檬酸钠;乙酸;乙酸钠;800 ml . L -1 乙醇;RNAzol试剂盒(Promega 公司);Trireagent (Sigma 公司)。 1.2 仪器 电泳仪、岛津UV-160型紫外可见分光光度计(日本产)、超声匀浆仪(美国Sonics Material Inc. Jencons产品)、玻璃匀浆器。所用器皿均按RNA提取的一般要求进行处理 [4] 。 1.3 标本 大鼠脑组织、脊髓组织、培养细胞。 1.4 RNA快速提取 试剂 的制备 1.4.1 酸酚的平衡 取重蒸酚于65℃水浴融化, 加入1 g . L -1 8-羟基喹啉;用50 mmol . L -1 乙酸钠(pH 4.0)平衡。在平衡的过程中不断搅拌,并反复更换乙酸钠,待上清液相的pH值达到4.1为止。 1.4.2 CSB缓冲液的配制 用DEPC处理过的纯水配制CSB缓冲液,由42 mmol . L -1 柠檬酸钠、8.3 g . L -1 十二烷基肌氨酸钠和0.1 mol . L -1 β-巯基乙醇组成。 1.4.3 快速RNA提取 试剂 的配制 用CSB缓冲液配制4 mol . L -1 异硫氰酸胍;加入0.1体积4 mol . L -1 乙酸钠(pH4.0), 加入等体积酸酚,0.02体积的异戊醇,混匀,即为RNA快速提取试剂。4℃保存备用。 1.5 RNA快速提取程序 组织RNA的提取: 将约10~100 mg的组织块置于匀浆仪中,加入1 ml RNA快速提取试剂,进行匀浆;将匀浆液倾入1.5 ml 离心管 中,加入0.1体积的氯仿,振荡混合20 s;冰上放置5 min;4℃离心12 000 r . min -1 , 15 min。 离心管 中的液体分为3层: 上层为无色透明的无机相,RNA保留于此相中;下层为呈淡黄色的有机相,蛋白质保留于此相中;上下两层的界面处为中间层,DNA保留于此相中。小心吸取上层水相约0.5 ml于新管中,切勿吸取中间层和下层液体,以避免DNA和蛋白质的污染。异丙醇沉淀:加入等体积的-20℃预冷的异丙醇,混匀,4℃离心12 000 r . min -1 ,15 min, 弃上清;用0.5 ml预冷的80%(体积分数)乙醇洗涤沉淀,弃尽乙醇,在空气中自然干燥,溶于适量DEPC处理的水中,用于后续的实验或-80℃保存。培养细胞RNA的提取: 培养细胞生长至旺盛期,弃掉培养基,用冰冷的PBS缓冲液冲洗两次,直接向细胞中加入1~2 ml RNA快速提取试剂,轻轻晃动培养瓶使细胞与RNA快速提取试剂充分接触,冰上放置5 min,吸出粘稠的细胞裂解混合物于新的离心管中,加入0.1体积的氯仿,振荡混匀。其余步骤与上述组织RNA提取方法相同。传统一步法提取RNA,按文献[1]方法进行;用Trireagent 或RNAzol提取RNA,按试剂盒说明操作。