生物学常用软件

一、分子生物学软件

1.DNASTAR_Lasergene.v7.1
LaserGene是美国DNAStar公司发行的综合性序列工具软件，可用于发现和注释DNA序列中的基因，并操作所关注的DNA的其他feature。现阶段版本的LaserGene包括EditSeq、 MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean应用程序，具有序列的编辑、转换、开放阅读框的查找、引物设计、酶切作图、序列比较等功能，其功能几乎囊括了分子生物学领域大多数内容。
2.modfitLT-BD周期分析软件
ModFitLT是由美国VeritySoftwareHouse公司设计，是用于流式细胞术中进行细胞周期分析的软件。它通过对DNA含量直方图进行曲线拟合，能快速计算出分析细胞周期各时相细胞的含量、G1/S/G2+M细胞的百分比，并测量肿瘤细胞的DNA指数(DNAIndex)、及析凋亡细胞亚二倍体所占的比例，实为研究凋亡细胞生物与药理小伙伴的一大利器。
3. odyssey western blot
Li-cor公司推出的Odyssey红外激光双色图像分析系统配套软件。是扫完Western后在自己电脑上分析的必备软件（反正浙大医学院公共平台是用的这个）。
4. 汉化版DNAMAN6.0-Raindy
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件，功能强大，使用方便。可以不同形式显示序列，进行DNA 序列的限制性酶切位点分析、DNA 序列比对分析（Dot Matrix Comparision）、序列同源性分析（两序列同源性分析、多序列同源性分析）等。
5.BioEdit7.0.9.0
BioEdit是一个功能齐全的分子生物学应用软件，可以完成核苷酸序列和蛋白质序列进行所有常规的分析操作，如：序列比对、序列检索、引物设计、系统发育分析等。与DNAMAN 相比，其分析内容相对更丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
6.chromas（基因测序峰图查看软件）
chromas是一款非常好用的专业基因测序列查看软件，如果在从事科研的过程中需要测序列和查看彩图可以使用这款工具，同时还拥有打开ABI格式的功能。
7.flowjo流式细胞分析软件破解版
Flowjo是一款优秀的流式细胞分析专业软件，可以兼容几乎所有流式仪器采集的数据，可以弥补其它机器自带软件的分析功能不足的缺憾，满足用户的数据分析要求，这也是FlowJo备受欢迎及推崇的原因。
8.SSRHunter 1.3（微卫星DNA位点查找软件）
又称微卫星DNA位点查找软件，是利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记的一个工具。SSRHunter软件能够搜索潜在的SSR位点，完成较为出色。此外，SSRHunter还提供了自动序列预处理、常规的序列整理和序列变换功能、以及方便的结果输出方式。
9.Vector NTI 11.5.1 破解版
Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。主要支持以下几种分析：对分子序列的操作、常规操作、常规分析、图形操作。

二、凝胶分析软件：
1.Gel-pro analyzer
是一块功能强大的凝胶分析软件，它的功能包括泳道分析， DNA分析，分子量计算，条带分析，Dot-blot电泳分析，菌落计数-培养皿计数，测量面积/密度，实验报告输出，宏的功能与应用。
2.QuantiScan
使用简单，功能专一的凝胶扫描、分析软件。可以分析，扫描多种多样的材料成分，分析凝胶，污点和薄层层析板等。它以极小的成本达到类似于精密显像密度计的功能。它分析的对象不仅包括BMP.JPG图片，还包括没有解压的TIF文件等，可以对几乎所有图片进行多种预处理。
3.Quantity One
一款来自Bio-Rad的1D凝胶定量软件，是The Discovery Series 软件家族的成员，可以在Bio-Rad官网下载到非破解版。它可成像和分析一维电泳凝胶、斑点印迹、狭线 印迹和菌落计数。Quantity One 软件能定量和分析多种数据，包括从光密 度仪、储能磷屏成像仪、荧光成像仪和凝胶成像系统采集的放射性、化学 发光、荧光和染色等样品。它提供自动分析功能以快速获取高质量结果。
4.PDQuest
另一款来自Bio-Rad的软件，是2D凝胶定量软件，也可以在Bio-Rad官网下载到非破解版。它的分析方式主要有4种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；分子量测定
5.ImageLab
一套图像处理软件，也是来自Bio-Rad的软件，全名叫做Image Laboratory。该软件包括文件打开，保存，显示，打印，复制，粘贴，镜像，旋转，反色等常用功能之外，特别提供一系列图像处理功能，如图像的平滑、锐化、中值滤波、灰度拉伸、亮度变换、直方图均衡、颜色调整、二值化、边沿提取等。采用多文档界面，可以同时打开显示多个图像进行大量处理。

三、引物设计软件
1.Primer Express
一款引物设计软件，可用于设计引物和探针，尤其适用于荧光PCR探针的设计，可以精确计算寡核苷酸与荧光基团鳌合后的Tm值。可以预测引物与引物之间与模板之间等的二级结构。
不用安装软件，如何三步搞定引物设计？（点这里啦）
2. Oligo 7.37 
用于引物探针的设计，引物探针的验证，一般用来和PRIMER PREMIER配套设计PCR引物。从序列文件中搜索和选择寡核苷酸的多功能程序，应用于聚合酶链反应(PCR),DNA测序，定点突变及各种各样的杂交研究。根据最近邻热力学值计算寡核苷酸的杂交温度和二级结构。这个好工具也用于构建合成基因，在已合成的基因中发现适当的序列引物，发现和多元化一致的引物和探针， 甚至发现蛋白质潜在的限制位点。
3. primer premier  
一款专业的引物设计软件，具有PCR或测序引物以及杂交探针设计功能。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。
4.FastPCRy 
一款快速设计各种类型PCR引物的工具，包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具。基于在标准和长PCR、反向PCR引物的设计新方法，直接氨基酸序列的简并PCR、多重PCR和电子PCR；序列比对、聚类和任何重复序列搜索。

四、代谢与信号分析软件：
1.CellNetAnalyzer：
CellNetAnalyzer，是一种细胞网络分析工具，前身是FluxAnalyzer，是基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块，。这是一个典型的代谢流分析工具，可以进行代谢流的计算、预测、目标函数的优化，端途径分析、元素模式分析，以及代谢流之间的对比等。可以基本满足研究一个中型代谢网络的结构尤其是计算流分配的要求，大部分论文中的代谢网络分析都是或明或暗的用这个分析的。
2. 信号通路图汇总
3. 药理学思维导图