SNP检测常见问题答疑下篇

问题一：SNP的研究思路是怎样的？

答：首先寻找研究相关的SNP位点

(1)如果是单基因遗传，特别是罕见遗传的疾病，可以通过外显子测序对一个家系的几个个体进行测序，筛选低频突变，随后找那种能改变蛋白功能的突变，最后做共分离分析。

(2)如果是多基因病或者质量性状定位，那么两个方法，一是，全基因组关联分析GWAS，用散发型个体，做关联分析。不过这种方法要的样本量比较大，一般都要大几百个，多的都要好几千。二是，基因家系的连锁分析，这个主要是定位，然后再后续做一些东西，一般用芯片或者全基因组重测序或者简化基因组测序。

(3)还可以通过参考资料锁定研究相关的基因，通过数据库查到基因内部的SNP位点。

(4)查找相关的参考文献，找到研究相关的SNP位点。

然后，开始进行SNP位点验证，采用对照组和实验组的大量样本，验证寻找到的实验相关的SNP位点。

(1)SNaPshot法：基于多重PCR和ABI 3730xl测序平台的SNP分型检测。

(2)直接测序法：基于一代测序平台的SNP分型检测。

(3)质谱法：基于Sequenom平台的SNP分型检测。

(4)Taqman探针法：基于荧光定量PCR仪平台的SNP分型检测，等等。

最后根据已有的对照组和实验组的SNP分型结果与实验目的进行关联分析：

(1)与疾病的关联分析等。

(2)LOH分析。

(3)遗传连锁分析。

(4)单倍型分析。

还可以进行包括HW平衡分析、聚类分析、品种鉴定、单体型分析等数据分析。

问题二：想要在SCI杂志上发表影响因子大于5的SNP文章，需要做哪些准备工作？

答：除了前面说的研究方法、研究思路及使用恰当的功能验证方法外，对于疾病研究、病理样本和对照样本要有非常大的样本量，通常是几百例，最好是大于1000例。另外，一定要结合相关的环境风险因素一起进行统计学分析，比如LD，单体型分析等等。

问题三：如何筛选SNP位点？

对于候选SNP的筛选，有很多种考虑，总的趋势和出发点是能够涵盖的SNP越多越好。

(1)选择minority allele频率大于5%。

(2)正式试验前可选30人左右的人群做该基因的测序，看看有没有和数据库不一致的SNP。

(3)除了TagSNP外，还可选择进化保守区的SNP。

(4)看看该区域内有没有其他人群相关功能或易感阳性SNP的报道。

(5)改变氨基酸编码的SNP。

目前更倾向于筛选对于某一疾病的重要候选基因，对其基因全长进行重新测序(这一过程称为SNP rediscovery或者是SNP resequencing)，然后选出有意义的位点再进行genotype，并构建haplotype。

问题四：SNP的功能验证？

答：SNP的相关性分析只是通过样本得到的信息经统计分析而得到的结论，但是是否真的具有生物学功能需要有功能验证试验，这样以后的实用性将更大，也更具有说服力。

SNP功能验证经典的验证方法是模式生物，基因定点敲出，但费用高、周期长，还不一定能模拟出表型，或者是做生物信息分析，然后研究功能通路的改变，再用实验验证，这个方法最大的问题是基因表达的改变一般都需要组织，而有些复杂疾病很难取到组织。