区域特异性诱变
原理可在长达3‘的克隆化DNA片段上产生大量的随机分布的核苷酸替换突变，在将DNA克隆到一个可用来分离单链DNA的载体后，用各种可造成特定碱基损伤的化学试剂处理
原理
可在长达3‘的克隆化DNA片段上产生大量的随机分布的核苷酸替换突变，在将DNA克隆到一个可用来分离单链DNA的载体后，用各种可造成特定碱基损伤的化学试剂处理。
材料与仪器
DNA
乙酸钠 亚硝酸钠 TE 无水乙醇 dNTP 反转录酶 RNA酶 洗脱液 溴化乙锭
水浴锅 培养箱
乙酸钠 亚硝酸钠 TE 无水乙醇 dNTP 反转录酶 RNA酶 洗脱液 溴化乙锭
水浴锅 培养箱
步骤
1. 用限制性内切核酸酶消化DNA以获得目的DNA片段，将靶片段双向克隆到M13噬菌体载体或含有M13复制起始子的质粒载体中。从100 ml 感染细抱培养物中提取单链DNA。
2. 在三个微量离心管内各加入40 ug 1 mg/ml 的单链DNA，如果靶序列的两条链都要被利用，则需用6个反应。
2. 在三个微量离心管内各加入40 ug 1 mg/ml 的单链DNA，如果靶序列的两条链都要被利用，则需用6个反应。
3. 亚硝酸反应：在一个管内加入10 ul pH4.3的2.5 mol/l 乙酸钠和50 ul 2 mol/l 亚硝酸钠，混匀，室温温育60 min。
4. 甲酸反应：在另一管内加60 ul 浓甲酸，混匀，室温温育10 min。
5. 肼反应：在第三个管内加60 ul 浓肼，混匀，室温温育10 min。
6. 毎管加100 ul 2.5 mol/l pH5.5的乙酸钠，30 ug 担体tRNA和1 ml 无水乙醇，置干冰中冻至-80℃，放置10 min，离心10 min，去上清，重复乙醇沉淀两次，再用80 ul TE缓冲液重悬DNA。
7. 在重悬的DNA内加10 ul 4种dNTP混合液，10 ul 10x反转录酶缓沖液和100 pmol 的寡核苷酸引物。先在85 ℃温育5 min，再于40℃温育15 min。
8. 加10 ul 4种dNTP混合液和30~40 U 的AMV反转录酶，37℃温育1 h。
9. 用缓冲液平衡酚抽提和乙醇沉淀DNA，DNA重悬于100 ul 10x限制性内切酶缓冲液，并用适当的限制性内切酶切割，以便从载体中回收片段。
10. 酚抽提和乙醇沉淀DNA。DNA重悬于10~15 ul 洗脱缓冲液，并加0.5 ul 2 mg/ml RNA酶A，37℃温育15 min 以降解担体tRNA。
4. 甲酸反应：在另一管内加60 ul 浓甲酸，混匀，室温温育10 min。
5. 肼反应：在第三个管内加60 ul 浓肼，混匀，室温温育10 min。
6. 毎管加100 ul 2.5 mol/l pH5.5的乙酸钠，30 ug 担体tRNA和1 ml 无水乙醇，置干冰中冻至-80℃，放置10 min，离心10 min，去上清，重复乙醇沉淀两次，再用80 ul TE缓冲液重悬DNA。
7. 在重悬的DNA内加10 ul 4种dNTP混合液，10 ul 10x反转录酶缓沖液和100 pmol 的寡核苷酸引物。先在85 ℃温育5 min，再于40℃温育15 min。
8. 加10 ul 4种dNTP混合液和30~40 U 的AMV反转录酶，37℃温育1 h。
9. 用缓冲液平衡酚抽提和乙醇沉淀DNA，DNA重悬于100 ul 10x限制性内切酶缓冲液，并用适当的限制性内切酶切割，以便从载体中回收片段。
10. 酚抽提和乙醇沉淀DNA。DNA重悬于10~15 ul 洗脱缓冲液，并加0.5 ul 2 mg/ml RNA酶A，37℃温育15 min 以降解担体tRNA。
11. 在非变性的6%聚丙烯酰胺凝胶电泳上，分离从载体上切下的目的片段，凝胶用溴化乙锭染色，切胶，洗脱出DNA。
12. 将纯化的插入DNA连接到具有互补末端的质粒或细菌噬菌体载体中。通过常规的转化程序将连接混合物导入合适的细菌中。
12. 将纯化的插入DNA连接到具有互补末端的质粒或细菌噬菌体载体中。通过常规的转化程序将连接混合物导入合适的细菌中。
注意事项
由于不同的化学诱变剂性能差别很大，在使用前必须对影响其效果的温度、PH值、光照、溶剂等做清楚的分析，同时对其半衰期、毒性及防护也要充分了解，这样才能保证使用的有效性和人体安全性。
常见问题
1. 由于不同的化学诱变剂性能差别很大，在使用前必须对影响其效果的温度、PH值、光照、溶剂等做清楚的分析，同时对其半衰期、毒性及防护也要充分了解，这样才能保证使用的有效性和人体安全性。
2. 当筛选方法可信度高时，往往检测方法是比较繁琐的（尤其是涉及一些蛋白质或氨基酸含量变化的突变类型）这时为了提高筛选工作量往往降低筛选的可信度，减少筛选的繁琐程度，而在复筛中进一步加以确定。
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