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脉冲场凝胶电泳实验(倒转电场)

2024-06-13 DNA 加入收藏
材料与仪器DNAGTBE TBE 琼脂糖电泳仪步骤1. 制备用于水平电泳的1%琼脂糖凝胶,放入电泳装置,其上覆盖以2~3 mm 的GTBE或TBE缓冲液。 2


材料与仪器

DNA
GTBE TBE 琼脂糖
电泳仪

步骤

1.  制备用于水平电泳的1%琼脂糖凝胶,放入电泳装置,其上覆盖以2~3 mm 的GTBE或TBE缓冲液。
 
2.  加入液体样品。装好蠕动泵用于电泳缓冲液循环。

3.  对于微型凝胶调整循环速度至5~10 ml/min 对于大型凝胶则用20~50 ml/min。

4.  将管端与凝胶槽中的再循环口相连,或直接放入缓冲液槽。
 
5.  将可编程的转换装置与恒压直流电源相连,然后将凝胶装置与转换装置相连(见下表),开始电泳直到溴酚蓝迁移1 cm,开启转换装置及蠕动泵。
 
6.  与标准的琼脂糖凝胶一样进行溴化乙锭染色及照相。经酸处理使DNA脱嘌呤后,凝胶可进行Southern杂交。


 
(1)这些公式假定使用0.5xTBE缓冲液;对于GTBE和TAE缓冲液,分离的片段将稍大,并且电泳速度分别要快约20%和30%。
 
(2)变量:T,温度(℃);V,电场通度(V/cm);A,琼脂糖百分浓度(对于脉冲场级琼脂糖乘以0.8);脉冲时间(对于倒转电场凝胶指反向时间,单位s);R,正向与反向电泳时问比率;θ,改向角度。

(3)倒转电场凝胶不能分离此范围以外的长度,变角度凝胶可以分离此范围以外的片段,且效果不是很好。


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