基因芯片样品制备
一般说来应用 DNA 芯片进行实验包括 5 个过程:生物学问题的提出和芯片设计;样品制备;生物杂交反应;结果探测;数据处理和建模。
1 .样品制备。一般所需 mRNA 的量是以一张表达谱芯片需要 3μg mRNA 计算的
不同组织抽提 3 - 10μg mRNA 所需组织量
器官 / 组织 * | 提取 3μgmRNA 所需组织量 ( 克 ) | 提取 10μgmRNA 所需织量 ( 克 ) | 总 RNA 得率 [ 单位 : 毫克 RNA/ 克组织 ] | mRNA 所占百分比 [%] | |
成人正常组织 | 肝 | 0.2083 | 0.6944 | 1.80 - 1.80 mg/g | 0.80 |
成人正常组织 | 脑 | 缺数据 | 缺数据 | 1.30 - 1.30 mg/g | 缺数据 |
成人正常组织 | 肺 | 0.3000 | 1.0000 | 1.00 - 1.00 mg/g | 1.00 |
成人正常组织 | 心 | 0.5000 | 1.6667 | 0.60 - 0.60 mg/g | 1.00 |
成人正常组织 | 胃 | 0.1852 | 0.6173 | 2.70 - 2.70 mg/g | 0.60 |
成人正常组织 | 喉 | 0.3125 | 1.0417 | 1.20 - 1.20 mg/g | 0.80 |
病理组织 | 结肠癌 | 0.2521 | 0.8403 | 1.70 - 1.70 mg/g | 0.70 |
病理组织 | 胃癌 | 0.4317 | 1.4388 | 0.50 - 0.50 mg/g | 1.39 |
病理组织 | 空肠腺癌 | 0.3571 | 1.1905 | 1.40 - 1.40 mg/g | 0.60 |
病理组织 | 直肠癌 | 0.1604 | 0.5348 | 1.70 - 1.70 mg/g | 1.10 |
病理组织 | 肝癌 | 0.1116 | 0.3720 | 3.84 - 3.84 mg/g | 0.70 |
病理组织 | 肺癌 | 0.1282 | 0.4274 | 2.00 - 2.00 mg/g | 1.17 |
考虑到个体差异以及样品在研磨、匀浆等过程中的损失,客户提供的样品量应在上述基础上增加 1-2 倍。
2 样本采集过程关键点.
组织标本采集操作建议规程 ,( 取标本所需关键器材和处理要求 )
铝箔 | 经 DEPC 水浸泡过夜, 78°C 烘干,高压灭菌后烘干 |
1.5 ml 微离心管 15 ml 聚丙烯离心管 | 市场有售 RNAase-Free 的相应规格离心管 |
标签纸 | |
记号笔 | |
样品登记表 | 由客户指定专人填写 |
液氮罐 | 应常备液氮罐,并保证液氮的来源 |
取材部位的病理切片 | 由客户提供 1-2 张 |
注: · 以下步骤 1 - 5 应在冰上进行且不超过 15 分钟,超过时间会导致样品的 RNA 降解。 · 对肿瘤组织的取材,要求尽可能准确地判定肿瘤和正常组织,例如对于手术切除的整个或部分前列腺,可能要根据冰冻切片报告的结果来判定要进行研究的取材部位。
1 离体新鲜组织,切成多个 1cm3 小块,剔除结缔组织和脂肪组织。胃、肠组织应剪除外膜;肝、肾、脾应剪除门部血管神经,肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净(正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净)。
2 在 RNase-Free 0.9 %生理盐水中漂洗样品,以去除血渍和污物。
3 用铝箔包裹组织,或用 5ml 冻存管装载组织 ( 但最好统一采用铝箔 ) 。用记号笔在铝箔或冻存管外表写明样品编号,并贴上标签,迅速投入液氮冷却。
4 填写样品登记表,写明样品名称、种类、编号、取样日期、样品处理情况等
将液氮冷却的组织放入样品袋(每个样品袋只保存同样的组织),袋口留一根编号绳,绳上粘一张标签纸(标签上注明:样品名称、编号、日期),迅速转入便携式液氮罐
5 保留 1-2 张取材部位的病理切片。