真菌基因组生物信息学分析:思路与流程

对一种真菌的基因组测序研究或许能够回答下面的问题:

为什么一种真菌能够成为病原物,而另外一种能够成为一种杀虫剂。 下一代的测序技术(SOLiD , 454 and Genome Analyzer System )使得对真菌进行快速的测序成为可能, 在得到测序数据后,主要要进行后续的数据处理和分析: 第一步:

对序列进行组装,如果是重测序,可以用MAQ 进行组装;

如果是对新物种进行(de novo)测序,用velvet 进行组装. 第二步:

对组装后得到的Scaffold进行全基因组基因注释:

包括:基因组组分分析;编码基因预测;重复序列注释;Non-coding RNA基因注释;Micro RNA基因注释;tRNA基因注释;假基因(Pseudogene)注释等.

第三步:

对预测的基因进行功能(Gene Ontology,调控Motif,Pathway等)注释:

可以使用的软件有:InterproScan ,SignalP ,SMURF 第四步:

比较基因组和分子进化分析:

如快速进化(rapid evolution)分析,共线性分析(Synteny Block),基因家族分析等;