甲醛洋菜胶体电泳

甲醛洋菜胶体电泳 （formaldehyde-agarose gel electrophoresis）甲醛是一种常用的RNA 变性剂。在进行甲醛洋菜胶体电泳分析时，必须先配制含有甲醛的洋菜胶体，RNA 也必须先以甲醛及formamide 进行变性处理，以确保其二度结构充分被打开。

由于甲醛可能是一种致癌物质，配制胶体及进行电泳分析时都应在抽气橱里小心操作；进行电泳时所使用的缓冲液为MOPS （3-[N-morpholino] propanesulfonic acid）。此外，含有甲醛的洋菜胶体比较滑溜，容易破裂，在移动胶体时应特别留神。

由于rRNA 占细胞RNA总量的80~85%,以ethidium bromide 染色后，呈现于胶体上的两个主要RNA色带应该分别是large 与small rRNAs （真核生物为28S 与18S,原核生物为23S 与16S）；散布于small rRNA 附近，呈淡淡smear 的就是mRNAs,这是因为mRNAs 存在量不多，而且长度不一的缘故。长度较短的5S rRNA 及tRNA 等则在胶体下方也以特定色带呈现。

仪器用具：

65℃恒温水槽；微量离心机；Mupid II 迷你电泳槽及铸胶器；UV transilluminator;防护面罩；拍立得相机；抽气橱

药品试剂：

自菌体抽取的RNA （I-1, I-2, U-1, and U-2） 与胞外转录反应所制备的正意股及反意股RNA （#1, #2, #3, and #4）。

5×formaldehyde gel running buffer （0.1 M MOPS, pH 7.0; 40 mM sodium acetate; 5 mM EDTA）

Formaldehyde gel loading buffer （0.25% bromophenol blue; 0.25% xylene cyanol;50% glycerol; 1 mM EDTA）

Ethidium bromide （1 μg/μL in dH2O/DEPC）

dH2O/DEPC

方法步骤：

◆ 注意：

a. 下列实验主要参照Sambrook and Russell （2001） 的方法。

b. 进行下列实验时请务必戴手套。

c. 甲醛与formamide 都放在抽气橱内。