五种不同的制备siRNA方法的比较
比较项目化学合成体外转录RNase III降解dsRNAsiRNA 表达载体PCR 表达框材料需求21-mer RNA oligos(一对)29-mer DNA
| 比较项目 | 化学合成 | 体外转录 | RNase III降解dsRNA | siRNA 表达载体 | PCR 表达框 |
| 材料需求 | 21-mer RNA oligos(一对) | 29-mer DNA oligos(一对) | 转录模版 (200-1000bp，两侧带T7 启动子) | 55-60-mer DNA oligos(一对) | ~50-mer DNA oligos(一对) |
| 全部制备/合成时间所需时间 | 4天—2周 | 24 小时 + DNA oligo合成时间 | 1 天 + 转录模版制备时间 | 5天以上 + DNA oligo合成时间 | ~ 6 小时 + DNA oligo合成时间 |
| 个人所需操作时间 | 几乎不需要* | 中等 | 中等 | 多 | 中等 |
| 是否需要验证和寻找最有效siRNA | 需要 | 需要 | 不需要 | 需要 | 需要 |
| 能否标记siRNA (例如用于 荧光显微镜 分析siRNA进入细胞过程或者在细胞中的定位） | 能 | 能 | 能 | 不能 | 不能 |
| 转染的相对难易程度 | 好 | 好 | 好 | 差 | 差 |
| 可筛选性 (例如 抗生素 筛选) | 不可以 | 不可以 | 不可以 | 可以 | 不可以 |
| 能否用于长效抑制 | 不可以 | 不可以 | 不可以 | 可以（ 抗生素 筛选） | 不可以 |
| 能否大规模制备 | 可以 | 有限 | 有限 | 可以 | 有限 |
| 检测总体转染效率 | 不可以 | 不可以 | 不可以 | 可以 | 不可以 |
| 每个基因的相对费用（不包含人力） | 高 | 中等 | 低 | 中等 | 中等 |
| *取决于合成后是否包含纯化、去保护，以及厂家提供的是已经退火的即用型双链还是冻干的单链 |
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