肠道菌群检测实验
简介
从出生开始，肠道内即通过对食物的适应过程产生并不断完善出一套固有的肠道菌群。每个个体的肠道菌群的组分和比例都是相对独特的，肠道正常菌群的存在对维持宿主肠道的正常结构与功能起着十分重要的作用，具有特殊的免疫保护和营养功能。一旦正常的肠道菌群受到破坏，机体的肠道功能会受到很大影响，再次重建肠道菌群后虽然可能与之前的菌群配方不同，但又会达到一个新的稳态平衡。通过对肠道菌群特有的 16s-rRNA 的测序可以分析出个体肠道菌群的具体成分和比例，因此这项检测已成为研究肠道菌群的重要基本手段（图 8-3-12）。
原理
肠道菌群检测实验的基本原理是通过对肠道菌群特有的 16s-rRNA 的测序可以分析出个体肠道菌群的具体成分和比例。
材料与仪器
器材：
Ion Torrent PGM、Ion sequencing kitv 2.0。
试剂：
①Qiagen Stool Mini Kit ;
②Ion OneTouchTM 200 Template Kit;
步骤
肠道菌群检测实验的基本过程可分为如下几步：
A 取出感兴趣的特定肠道的微生物。
B 使用 Qiagen Stool Mini Kit 提取肠道微生物基因组 DNA。
C 对微生物基因组 DNA 进行定量。
D 使用 16s-rRNA 基因可变区进行 PCR 扩增。
E 割胶回收 16s-rRNA 基因可变区 PCR 产物。
F 使用 Ion xpress plus gDNA and amplicon library preparation kit 对 16s-rRNA 基因可变区 PCR 产物进 行建库。
G 使用 Qubit 2.0 和 Agilent Bioanalyzer 2100 对扩增的文库进行定量。
H 使用 Ion OneTouchTM 200 Template Kit 对文库进行 emulsion PCR 和富集。
I 使用 Ion Torrent PGM 和 Ion sequencing kitv 2.0 对肠道微生物 16s-rRNA 文库进行测序。
J 将得到的测序结果和 RDP（Ribosomal Database Project）数据库进行比对分析，得到肠道微生物菌群的相对丰度和种群分布。结果示例如图 8-3-13 所示。
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