（一）DNA的凝胶电泳：凝胶电泳是分子克隆的中心技术之一
1.琼脂糖凝胶用于分离大于200～1000bp的片段;操作简单、快速，且分离范围广，分辨率高。
2.聚丙烯酰胺凝胶用于分离5－500bp的片段; 效果好、分辨率极高，相差1bp的DNA片断就能分开，能容纳相对大量的DNA ，用于核苷酸多态性的分析。
琼脂糖凝胶电泳的基本过程
材料：电泳缓冲液（常用TAE或TBE）、电泳级琼脂糖、溴化乙锭溶液（核酸显示剂）、加样缓冲液（保证核酸不在加样孔中扩散和用于电泳时间的指示系统）、水平凝胶电泳装置及制胶系统、直流电源系统。
基本过程：制胶→放入电泳槽中并加入电泳缓冲液→取出梳子→将适量的核酸样品和上样缓冲液混合并上样于加样孔中→一定电压条件下电泳→合适的时间后停止电泳→取出凝胶进行溴化乙锭染色→凝胶成像系统紫外灯下观察并照相保存结果
注意：溴化乙锭具有致癌性，操作时要带手套；不同浓度琼脂糖的凝胶分离范围；影响DNA在凝胶中迁移速率的因素：
1、DNA分子的大小；
2、构象；
3、凝胶浓度；
4、电压；
5、缓冲液
特殊的凝胶电泳
1、倒转电场凝胶电泳（FIGE）：用于分离分子量10～2000kb的DNA分子；
2、钳位均匀电场电泳（CHEF电泳）：可分离大于107bp的DNA分子。
（二）RNA 电泳
基本过程同DNA电泳一样，但应明确一点的是，因为RNA分子对RNA酶的作用非常敏感，因此必须用对RNA酶有抑制作用DEPC水来配置所有溶液，所有与RNA接触的仪器和装置都要严格处理以尽量减少RNA酶对样品的降解；另外，因为RNA分子有二、三级结构可以影响其电泳结果，因此电泳时应在变性剂存在下进行，常用的变性剂为甲醛和戊二醛。
