RNA结合蛋白免疫沉淀（RIP）技术(二)

一、RIP技术简介

由于miRNA被发现在癌症机理中起重要的作用，尤其是与肿瘤转移相关联，因此对于miRNA的研究来说，最让人兴奋的是有希望应有于癌症治疗中的RNA 抑制疗法或模拟miRNA表达疗法，尤其是对于出现肿瘤转移的癌症病人的治疗。

但是miRNA具有成百上千个靶标，所以要完全理解一个miRNA和靶标的特异性反应与肿瘤发生之间的联系，是一项非常具有挑战性的工作，尤其是在癌症研究中鉴别出miRNA的准确靶点仍然是一大难题。现已知道miRNA的调节功能是通过结合不同的蛋白质或RNA来实现的，因此研究miRNA与蛋白的结合情况对于揭示miRNA的功能及指导RNA疗法的研发具有重要意义。

Robert Nakamura博士是Advanced Genetic Systems公司的首席执行官，作为验证RNA-蛋白复合物作为治疗靶点有效性的专家，他认为“我们知道RNA结合蛋白在不同的生理状态下会结合不同的RNA。通过从细胞中分离完整的RNA-蛋白复合物，我们可以确认分子间的特异性相互作用，从而有希望为治疗疾病找到破坏这些相互作用的方法。”

RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。

RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同（如复合物不需要固定，RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶，抗体需经RIP实验验证等等）。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip，帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

基于磁珠的RIP实验流程

RIP 实验基本原理：

• 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。

• 防止非特异性的RNA的结合。

• 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。

• 结合的RNA序列通过microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或 高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。

延伸阅读： 95%的人类基因组并不编码基因，而是产生大量的非编码RNA，真正编码蛋白质的基因只占人类总基因组的约2%。这些非编码RNA在生命的生长发育的各个阶段都发挥着重要的调节作用，与艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多种病变密切相关，并且参与着干细胞和表观遗传学调控。而RNA-蛋白复合物驱动了几乎所有细胞过程的基因表达的转录后调控，包括剪接（splicing）、出核转运（nuclear export）、mRNA 稳定性以及蛋白转译过程，因此，对基因调控的了解就有赖于确定这些过程中RNA的结合的变化。因此，RNA研究也被越来越多的科学家重视起来，目前已经成为生命科学研究中一个炙手可热的领域，而RIP技术也逐渐成为RNA研究领域的一项常规方法，帮助我们了解越来越受关注的转录后调控网络。