转录结合位点的分斩

转录结合位点的分析     从一套基本不变的基因组中产生出多元化的细胞类型是由调控基因活性的各种信号途径所控制。作为基因表达的第一步――转录是调控机制的中心。转录是通过与DNA中的顺式元件结合的转录因子，加上其他辅助因子与染色质结构之间的相互作用而形成。在单个基因水平转录速率的控制是通过反式作用蛋白质与关键的顺式调控序列结合来完成的。全方位地理解反式因子与顺式序列之间的相互作用，有助于人们了解转录调控的机制，为解释和模拟细胞对内外界各种刺激的反映提供理论基础。由于实验方法需要花费大量的人力、物力及时间，人们一直在寻求用计算方法来确定与基因相关的顺式调控序列。     揭示控制基因表达的调控机制有助于对复杂的数据进行简单合理地解释，最终可以构建出每一个生物体内全面的调控网络图谱。实际上，由于控制各种RNA的调控机制的复杂性使得调控网络不可能是一个简单的图谱，而是会形成一个复杂的、多层次结构的网络。而对这个网络的建立及分析需要很强的数学基础及使用计算机来完成。因此，对整个复杂的基因调控网络的了解将花费相当长的时间和精力。对于研究人员来说，已有越来越多的计算方法可用来确定控制特异基因转录起始速率的调控序列。同时，生物信息学方法还可以极大地加快人们理解基因调控的机制。     尽管几乎所有成熟的研究调控序列的生物信息学方法都与转录起始相关，但其他控制基因表达的机制也不能忽视。任何特异基因的调控在从转录到形成功能蛋白质的过程中的任何时间点都可能发生，解析控制转录起始的机制并不能揭示整个调控的蓝图，因为转录水平上mRNA的量与蛋白质浓度之间的相关性并不强。但在特异的条件下由RNA聚合酶Ⅱ选择基因的表达是绝大多数基因调控的关键。目前，应用于转录起始分析的生物信息学方法已足够成熟，对实验的设计人员可提供极大的帮助。