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DNA实验

质粒DNA的限制性内切酶酶切分析

DNA
2024-06-13 DNA实验 加入收藏
简介实验目的学习和掌握限制性内切酶的特性掌握对重组质粒进行限制性内切酶酶切的原理和方法并理解限制性内切酶是DNA重组技术的关键工具。相关基础知识限制性核酸内切酶


简介

实验目的
学习和掌握限制性内切酶的特性
掌握对重组质粒进行限制性内切酶酶切的原理和方法
并理解限制性内切酶是DNA重组技术的关键工具。
相关基础知识
限制性核酸内切酶:是一类能识别双链DNA分子特异性核酸序列的DNA水解酶。它是基因工程中用于体外剪切基因片段的重要工具酶。
上世纪七十年代,当人们在对噬菌体的宿主特异性的限制-修饰现象进行研究时,首次发现了限制性内切酶。首批被发现的限制性内切酶包括来源于大肠杆菌的EcoR I和EcoR II,以及来源于流感嗜血杆菌(Heamophilus influenzae)的Hind II和Hind III。这些酶可在特定位点切开DNA,产生可体外连接的基因片段。研究者很快发现内切酶是研究基因组成、功能及表达非常有用的工具。
1)寄主控制的限制与修饰现象
限制与修饰系统是细菌细胞的一种防卫手段。各种细菌都能合成一种或几种能够切割DNA双链的核酸内切酶,它们以此来限制外源DNA存在于自身细胞内,但合成这种酶的细胞自身的DNA不受影响,因为这种细胞还合成了一种修饰酶,对自身的DNA进行了修饰,限制性酶对修饰过的DNA不能起作用。这种现象被称为寄主控制的限制与修饰现象。
2)限制性核酸内切酶的类型及特性
按限制酶的亚基组成和切断核酸情况 的不同,分为三类:
Ⅰ型
Ⅱ型~K~Hdiv~M~Kdiv~M~Kbr_~H~M~K~Hdiv~M~Kdiv~MⅢ型
第一类(I型)限制性内切酶能识别专一的核苷酸顺序,它们在识别位点很远的地方任意切割DNA链,其切割的核苷酸顺序没有专一性,是随机的。这类限制性内切酶在DNA重组技术或基因工程中用处不大,无法用于分析DNA结构或克隆基因。这类酶如Eco B、Eco K等。
第三类(III型)限制性内切酶也有专一的识别顺序,在识别顺序旁边几个核苷酸对的固定位置上切割双链。但这几个核苷酸对也不是特异性的。因此,这种限制性内切酶切割后产生的一定长度DNA片段,具有各种单链末端。因此也不能应用于基因克隆。
第二类(II型)限制性内切酶能识别专一的核苷酸顺序,并在该顺序内的固定位置上切割双链。由于这类限制性内切酶的识别和切割的核苷酸都是专一的。因此,这种限制性内切酶是DNA重组技术中最常用的工具酶之一。
这种酶识别的专一核苷酸顺序最常见的是4个或6个核苷酸,少数也有识别5个核苷酸以及7个、8个、9个、10个和11个核苷酸的。这种酶的切割可以有两种方式:
粘性末端 ;是交错切割,结果形成两条单链末端,这种末端的核苷酸顺序是互补的,可形成氢键,所以称为粘性末端。

各有一个单链末端,二条单链是互补的,其断裂的磷酸二酯键以及氢键可通过DNA连接酶的作用而“粘合”。

平头末端:
II型酶切割方式的另一种是在同一位置上切割双链,产生平头末端。例如EcoRV 的识别位置是:
3)同裂酶和同尾酶:
同裂酶:有时两种限制性内切酶的识别核苷酸顺序和切割位置都相同,这些有相同切点的酶称为同裂酶(同切酶或异源同工酶)。
同裂酶差别只在于当识别顺序中有甲基化的核苷酸时,一种限制性内切酶可以切割,另一种则不能。例如Hpa Ⅱ和MspⅠ的识别顺序都是
5’……G| CG G……3’
3’……G GC| G……5’
如果其中有5’-甲基胞嘧啶,则只有Hpa Ⅱ能够切割。
同尾酶:
有时两种酶切割序列不完全相同,但却能产生相同的粘性末端,这类酶被称为同尾酶
同尾酶的切割产物可以通过DNA连接酶将这类末端连接起来,但原来的酶切位点将被破坏。
4)限制性核酸内切酶的命名法
用属名的头一个字母和种名的头两个字母表示寄主菌的物种名称,如E.coli 用Eco表示,所以用斜体字。
用一个字母代表菌株或型,如流感嗜血菌(Heamophilus influenzae)Rd菌株用d,即Hind。
如果一种特殊的寄主菌株,具有几个不同的限制与修饰酶,则以罗马数字表示,如Hind Ⅰ,Hind Ⅱ,Hind Ⅲ等。

材料与仪器

•质粒 pUCm-T-TaSTK
•RNase
用含有10mmol/LTris-HCl、15mmol/L NaCl溶液溶解Rnase到10mg/ml,沸水浴15min,保存到-20℃
•SacI 和 XbaI 核酸内切酶(Takara)
•酶解缓冲液(10×M buffer)
•离心机,水浴锅
•10ml,50ml微量移液器,无菌的1.5ml EP管


步骤

实验方法和步骤
1)质粒中RNA的酶
向30ml质粒溶液中加入10mg/ml Rnase 2ml,37℃水浴酶解0.5小时。
2)质粒DNA的限制性内切酶酶
Total ddH2O M Buffer SacI XbaI 质粒DNA
20ml 13ml 2ml 1ml 1ml 3ml
置于37℃水浴酶解16小时。酶解完成后,分别加入10倍的上样缓冲液,然后各取15ml进行电泳分析。



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