质谱结果分析

       上周送了一个考染的蛋白质点做PMF质谱鉴定，我自认为点取准了，质谱的蛋白量足够，可公司的人说我送去的样品太少，PMF做不出来，但是可以做MALDI-TOF-TOF。

       没办法，做了一个月的实验不能白做吧！狠下心多加了200元做了MALDI-TOF-TOF。（鉴定一个蛋白质的钱可以买一台三星的17寸显示器了）
       结果如下：
      Accession Mass Score Description

      1. gi|34903780 51933 67 unnamed protein product [Oryza sativa (japonica cultivar-group)]
      2. gi|14626289 23564 46 hypothetical protein [Oryza sativa (japonica cultivar-group)]
      3. gi|37536824 58734 39 unknown protein [Oryza sativa (japonica cultivar-group)]

      Score is -10*Log(P), where P is the probability that the observed match is a random event.
      Protein scores greater than 55 are significant (p<0.05).

      Search Parameters
      Type of search : MS/MS Ion Search
      Enzyme : Trypsin
      Variable modifications : Carbamidomethyl (C),Oxidation (M),Pyro-glu (N-term E)
      Mass values : MONOISOTOPIC
      Protein Mass : Unrestricted
      Peptide Mass Tolerance : ± 0.15 Da
      Fragment Mass Tolerance: ± 0.4 Da
      Max Missed Cleavages : 1
      Instrument type : MALDI-TOF-TOF
      Query1 (904.49,1+) : MaldiWellID: 13432, SpectrumID: 35340,
      Query2 (1296.74,1+) : MaldiWellID: 13432, SpectrumID: 35338,
      Query3 (1570.74,1+) : MaldiWellID: 13432, SpectrumID: 35339,

      这看起来很正常，可是问题在于我给他们送去的蛋白质点的相对分子量在20KDa左右（第二向点了低分子量标准蛋白），而他们给我鉴定出来的蛋白分子量有51933！
      我觉得不对，就打电话问他们的技术员，她说可能是样品蛋白发生断裂了。
     但是我是提了3次样品，跑了六块胶才确定下来的差异点，怎么可能三次都发生断裂了？
     做质谱的大侠，请指教！！！