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DNA实验

用 GST 融合蛋白检测蛋白质-蛋白质相互作用实验

2024-06-01 DNA实验 加入收藏
材料与仪器结合到谷胱甘肽-球脂糖的 GST 融合蛋白碱性缓冲液 封闭缓冲液 相互作用缓冲液PK 缓冲液 还原型谷胱甘肽于 Tris-Cl中 洗涤缓冲液 1 洗涤


材料与仪器

结合到谷胱甘肽-球脂糖的 GST 融合蛋白
碱性缓冲液 封闭缓冲液 相互作用缓冲液PK 缓冲液 还原型谷胱甘肽于 Tris-Cl中 洗涤缓冲液 1 洗涤缓冲液 2 蛋白酶 蛋白激酶 A [y-32P]ATP
与待筛选蛋白结合的膜或滤膜 Sephadex G-50 转柱

步骤

材料

缓冲液和溶液
将缓冲液稀释到适当浓度。

碱性缓冲液
20 mmol/L HEPES(pH7.5)
50 mmol/LKCl
10 mmol/LMgCl2
1 mmol/L 二硫苏糖醇
0.1%NP-40

封闭缓冲液
5% 脱脂奶粉于碱性缓冲液中

相互作用缓冲液
1% 脱脂奶粉于碱性缓冲液中

2xPK 缓冲液
100 mmol/LKPO4(英文版原书如此—译者注)
20 mmol/LMgCl2
10 mmol/LNaF
9 mmol/L 二硫苏糖醇

还原型谷胱甘肽(20 mmol/L) 于 50 mmol/L Tris-Cl(pH8.0) 中
可选,请见步骤 3

洗涤缓冲液 1
磷酸缓冲盐溶液,含 0.2%TritonX-100

洗涤缓冲液 2
磷敢缓冲盐溶液,含 0.2%TritonX-100 和 100 mmol/LKCl

酶及缓冲液

蛋白酶
可选,请见步骤 3。

蛋白激酶 A
每次使用时按产品说明新鲜配制。

放射活性化合物

[y-32P]ATP(6000Ci/mmol)

专用设备

与待筛选蛋白结合的膜或滤膜。
请见步骤 5。

Sephadex G-50 转柱
可选,请见步骤 4。

附加试剂

此方案步骤 3 需要一些试剂,它们可将融合蛋白从其载体上或结合的谷胱甘肽-琼脂糖上切割下来,见 15 章方案 5。
此方案步骤 5 需要含待检测蛋白质的聚丙烯酰胺凝胶(请见附录 8) 或含 cDNA 表达文库的板(请见 14 章方案 2),以及附录 8 中描述的免疫印迹试剂。
单独的 GST 或一种非特异性蛋白质的阴性对照应当和靶蛋白一起加入到 SDS 聚丙烯酰胺凝胶中。如果目标蛋白是一保守家族的成员,目标蛋白的相互作用可与同一家族的其他蛋白质进行比较。

载体和菌株

结合到谷胱甘肽-球脂糖的 GST 融合蛋白
这一方案适合于融合蛋白中含蛋白质激酶磷酸化位点的蛋白质(Ron and Dressler 1992)。还可采用含 cAMP 依赖的蛋白激酶识别序列的载体(Amersham Pharmacia Biotech 公司)。如果使用非标记的 GST 融合蛋白,请参见本方案结束处的文本框,“替代方案:用抗 GST 抗体检测蛋白质-蛋白质相互作用”。

方法

放射标记蛋白探针的制备

1. 在微量离心管中制备下列反应混合物:

[γ-32P]ATP(6000Ci/mmol)                               5ul

蛋白激酶 A                                                        1unit/ul
 
在谷胱甘肽琼脂糖上的 GST 融合蛋白               1~3ug

2XPK 缓冲液                                                       12.5ul

水                                                                        到 25ul

反应混合物在 37°C 孵育 30 min。

在标记反应进行前融合蛋白可被蛋白酶切割。在此情形下,用切割蛋白替代标记反应中结合到谷胱甘肽琼脂糖上的蛋白质,37°C 孵育 30 min, 然后接续步骤 4。
GST 成分保留在融合蛋白上,要用 GST 本身(结合到谷胱甘肽琼脂糖)做对照重复此实验。在文库筛选时这可能不太实际,因此重要的是测试阳性克隆与 GST 本身结合的能力。这一对照通常在第四次纯化后、克隆鉴定前进行。

2. 标记反应完成后,加入 200ul 的 1XPK 缓冲液到离心管中清洗琼脂糖珠,然后在微量离心机上以最大速度离心 1 min。用适当的方式将含游离放射性核酸的上清弃去,再重复清洗一次。

3. 用一种蛋白酶切下标记蛋白质,或用 20 mmol/L 还原型谷胱甘肽于 50 mmol/LTris (pH8.0) 中(请见 15 章方案 5) 将标记的 GST 融合蛋白从琼腊糖珠上洗下。将标记蛋白存放在冰盒中,在同一天中使用。

4. 在标记反应前如果标记蛋白与 GST 成分分开(请参见步骤 1 的注意事项),就将标记蛋白上用 1XPK 缓冲液平衡的SephadexG-50 柱,以除去游离的标记核酸。探针蛋白一旦与游离核酸分开,就可使用。将标记蛋白存放在冰盒中,在同一天中使用。

探测膜

5. 用标准技术将蛋白质转移到膜上,制备待检测的膜。
从 SDS-聚丙烯酰胺凝胶转移的蛋白质通常可以直接被检测。如果蛋白质从 cDNA 表达文库中转移,则在进入到步骤 6 之前,可要进行附加方案:“膜结合蛋白的再折叠”。

6. 用碱性缓冲液完全覆盖膜并在 4°C 轻轻震荡淸洗 10 min。

7. 弃去碱性缓冲液,用封闭缓冲液完全覆盖膜,并在 4°C 轻轻震荡孵育 4 h 到过夜。

8. 加人 1~3ug 的贮存探针(来自步骤 3 或 4) 到足够的相互作用缓冲液中,使终浓度为 1~5nmol/L, 制备标记蛋白溶液。将膜转移到含稀释探针的平皿中,确认探针溶液与膜的整个表面均匀接触。4°C 轻轻震荡孵育 4~5 h。

9. 以适当的方式弃去放射性探针溶液。用洗漆缓冲液 1 完全覆盖膜,并在 4°C 轻轻震荡孵育 10 min。重复洗涤三次。

10. 用洗涤缓冲液 2 完全覆盖膜,并在 4°C 轻轻震荡洗涤 10 min。重复洗涤一次。

11. 用塑料包膜小心包裹膜并曝光到 X 光片上。






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