双脱氧链终止法测定DNA序列的实验方法
放射自显影及结果分析
将凝胶板自电泳槽取下后水平放置,小心分离两块玻板,让凝胶完好地留在其中一块玻板上。可将凝胶切下一小角以示方向。
在凝胶上小心地覆盖一张厚的3号新华滤纸,移去玻板,在凝胶另一面覆盖一张保鲜膜,注意排除气泡。滤纸面朝下置凝胶干燥器中干燥。
于暗室中,将干燥的凝胶的保鲜膜面与一张X光底片的药膜面贴合,夹在增感屏盒中,置70℃或室温曝光4-16小时,然后显影、定影(按所用显影及定影剂说明进行),水漂洗、干燥。然后由下而上读序。
注意事项
1.操作顺序参考表
① 制备电泳凝胶(可在前一天下班前进行)。
② 检查实验计划及试剂。
③ 预电泳。
④ 预电泳的同时进行引物退火、链延伸及终止反应。
⑤ 点样并电泳(根据需要可重复1-2次)。
⑥ 固定、干燥凝胶。
⑦ 放射自显影。
2.M13重组子的培养
① 挑取单一的大肠杆菌集落加入3ml LB培养基中,37℃振荡培养直至A600光密度达到0.8-1.0为止。
② 取200μl上述大肠杆菌培养物,加入含有2ml 2×YT培养基的试管中,再将插入待测DNA片段的M13单一白色噬菌斑接种其中,在37℃剧烈振荡培养至少5小时,但不宜超过8小时。
③ 通过两轮离心将细胞除去,第2轮的上清液小心转移至另一清洁试管中。存放4℃待用。
3.单链模板的分离
① 沉淀M13:在上述M13培养物上清中,加入0.2倍体积的3.5mol/L醋酸铵/20%多聚乙二醇溶液,颠倒混匀数次,置冰浴30分钟。离心15-30分钟(11000g)可见白色噬菌体沉淀。小心除去上清液,可将试管倒置并吸去多余液体。
② 分离纯化模板:向沉淀中加入TE缓冲液100ul,轻轻混匀使沉淀重悬,(以下步骤可在微量离心管中进行)。再加等体积酚/氯仿试剂,旋转振荡30秒,离心1分钟使分层。小心将上层液转移至另―干净离心管中。用酚/氯仿重复抽提一次并转移上层液。
加等体积氯仿,离心,转移上层液至洁净管中,并重复1次。
加1/10体积3mol、L醋酸钠(pH7.5)及两倍体积100%乙醇,混合,置干冰(或-40℃冰箱)中15分钟,离心10分钟,除去上清,加冰冷的70%乙醇lml,离心,除去上清,于真空条件短暂干燥。
加入20ulTris缓冲液溶解DNA沉淀,储于-20℃待用。
用于测序的DNA,其A260/A280光密度比值至少应大于1.7。