揭示“LiCl 沉淀”背后的故事

不少的文献都说，用LiCl 沉淀RNA有很多好处，比如只沉淀RNA，不会沉淀DNA、蛋白和多糖等。但就是操作比较麻烦，比如，过夜沉淀，不能沉淀小分子RNA等。下面就LiCl 沉淀方法的误区进行探讨。 误区一：LiCl 不能沉淀小分子RNA。很多文献都说LiCl 沉淀的RNA不含小分子的5s rRNA和tRNA。但，事实是这样吗？至少在我的实验中发现LiCl 可以沉淀小分子RNA。下面的图片更能说明LiCl 可以沉淀小分子RNA。泳道1是RNA maker，泳道2、3、4是用LiCl 沉淀的RNA。当然LiCl 沉淀tRNA的效果真的不好，其原因可能是tRNA的高度二级结构。

误区二：LiCl 沉淀需要长时间和低温。不少文献上说LiCl 沉淀需要4度、－20度、甚至－80度下放置1小时、2小时、甚至过夜，其操作极其繁杂。但是，LiCl 沉淀真的需要长时间和低温吗？让我们来看看下面的数据：

Lane 1, RNA marker. Lane 2, RNA centrifutged immediately without chilling. Lane 3, RNA chilled at -20°C for 30 minutes before centrifugation. Lane 4, RNA incubated at 25°C for 30 minutes to test precipitation time independently of chilling. Lane 5, RNA chilled at -20°C for 1 hour.

Lane 6, RNA incubated at 25°C for 1 hour.

图片显示放置30min后，RNA沉淀比不放置更有效（请比较泳道2和3），但是比较泳道3、4、5、6后，你会发现在－20度下沉淀与在25度下沉淀没有区别，放置30min与放置1小时沉淀没有区别。

但是建议大家用 -20°C ＋ 30 minutes 的沉淀方法，因为低温能降低RNases的活性（假设有痕量的RNase残留） 小提示：任何事务有利便有弊，LiCl 沉淀与乙醇沉淀相比，它的沉淀效率稍低。数据显示2.5M的LiCl 的平均沉淀率是74％，而乙醇则是85％。通俗的说乙醇沉淀可以得到更多的RNA。