其实没那么复杂:疑难样本核酸提取指南
相信大家在研究过程中总会遇到一些「奇葩」样本,他们就像拦路虎一样,总是在找我们的麻烦。DNA 提取得率低,RNA 提出总是降解,这些样本躲又躲不开,绕又绕不过,提还提不出来简直就是烦死个人!
其实没那么复杂,静下心来仔细思考一下提取过程就能理出一条线索,解决这个问题。首先是样本的裂解或者破碎,很多疑难样本在这一步就已经挡在了我们的面前,比如某些植物的根部以及较为坚韧的茎部等。
这些样本破碎起来特别困难,尤其是当大量样品需要处理的时候,我们经常会选择通量较高的钢珠打样器,当然还有传统的液氮研磨,但这两种方法要么费时间,要么打不透,这个时候我们就需要一些新的思路,比如使用纤维素酶或者果胶酶处理,电动组织研磨器等等。
破碎之后我们需要裂解细胞,目前常用的方法有 SDS(十二烷基硫酸钠)法和 CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法,SDS 法比较温和,容易保证 DNA 的完整性,而 CTAB 法则较为强烈,当植物样本成分复杂,多糖多酚含量较高时,一般会选用 CTAB 来进行裂解。
有一些样本比较恶心,比如痰液、精液等,这类样本的特点是比较粘稠,提取前需要我们将它们稀释,以痰液的为例,需要加入 DTT(二硫苏糖醇)、Sacomanno 液(乙醇、聚乙二醇、利福平混合液)来液化;而精液 DNA 提取对象大多是精子,需要将精液离心后用 SWB(10 nmol Tris-HCl,10 mmol EDTA,1mol NaCl,pH 7.0)洗涤,接下来利用 SDS、DTT 解离,再用蛋白酶 K 消化。
DNA 提取的下一步是沉淀,而如果使用试剂盒就是上柱。相信许多同学在提取 DNA 的时候都在使用试剂盒,的确,自从核酸提取进入了试剂盒时代之后,我们提取的效率大幅度提升。但是也出现了另一个问题,那就是在有限的样本量的前提下,我们如何能够抓取到痕量的核酸呢?
以提取血清血浆样本中的游离核酸为例,常规的试剂盒很难处理这样的情况,需要试剂盒中配备一些特殊组份来捕捉这些游离核酸,并帮助其结合在柱膜上,所以大家在购买试剂盒的时候需要做好选择。
接下来就是洗脱或者溶解了,目前市面上所售的各种试剂盒大多采用硅基质膜,这种膜的特点是在高 pH 值条件下与核酸分离,所以我们如果不选择试剂盒中的洗脱液的话,我们可以用 pH 7.5-8.0 的水来代替,可以根据自己的需求来调整洗脱量,但洗脱时需要将膜完全覆盖,这样才能保证洗脱的高效率。这么看来,DNA 提取的过程是不是很清晰呢?
TIANGEN 公司作为国内核酸提取的龙头企业,为您提供 DNA 提取的完整解决方案,针对不同样品精心设计多种产品,保证您能够高效快速提取高质量 DNA。
针对游离核酸样本,TIANGEN 加入了 Carrier RNA 用来捕捉吸附低浓度核酸样本,完美解决低浓度样本的富集。
TIANGEN 公司的电动组织研磨器达到了 11,000 转,能够快速高效破碎各类样本,缩短试验时间,提高提取效率。
RNA 的提取过程相比于 DNA 提取来讲要求更高一些,由于 RNA 易被降解的特性,需要我们特别小心。在提取的各个阶段都与 DNA 提取方法类似,但是需要对样本进行严格的保护,或者低温(液氮),或者直接在具有 RNase 抑制剂的裂解液中操作。
而在整个操作过程中,也需要严格的 RNA 保护。在使用试剂盒的时候,尽量保证试剂盒中的组份不受到 RNase 的污染。
TIANGEN 公司的 RNA Prep 系列产品中吸附柱独采用了立包装,最大限度的降低了吸附柱交叉污染的可能性。
同时,对于不同样本设计生产了多种不同种类产品,特异性符合您的要求。明星产品 DP441 多糖多酚植物 RNA 提取试剂盒,通过对裂解液配方的调整,解决了多糖多酚对于 RNA 提取的影响,目前已经有几十种多糖多酚植物样本利用该试剂盒完成了 RNA 提取。
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