RNAi优于其它方法的优点

基因敲除和转基因动物是功能缺失表型研究的主要方法。然而，获得这些动物是一个漫长而且费用昂贵的过程，同时很多基因的缺失会导致胚胎致死表型，使得基因敲除变得不再可能。

灭活蛋白功能的方法包括结构域阴性突变构建和分析，和使用抗体和aptamers。但是，这可能需要花费一些时间确定什么构型和结构有功能，而且它们似乎只对某些靶标有作用。

有两种方法被用来调节mRNA的更新，反义mRNA和核酶（ribozyme）。但是这两种方法的应用有很大的限制。

RNAi是快速鉴定基因功能而费用低廉的方法，似乎对于到目前为止检测的大多数基因效果良好。RNAi迅速成为在敲除目的基因表达方面使用更多的方法。RANi对于了解基因功能，信号通路分析，RNAi机制研究和靶标验证非常有用，同时展示了诊断学和治疗学的巨大潜力。