核酸抽提:mRNA的分离
与rRNA和tRNA不同的是,哺乳动物细胞的绝大部分mRNA在其3'端均有一poly(A)尾,因此可以用oligo(dT)-纤维素亲和层析法从大量的细胞RNA中分离mRNAdmonds等,1971;At Leder,1972)。在构建cDNA文库时, 必须经上述纯化步骤制备mRNA模板。
进行Northern杂交或Sl 核酸酶作用图分析时,与总RNA相比,采用poly(A)+ RNA能获得更为满意的结果。 可以按照Gilham(1964)所述方法制备Oligo(dT)-纤维素,也可以买现成的产品。
1. 用0.1mol/L NaOH悬浮0.5-1.0g 0ligo(dT)-纤维素。
2. 将悬浮液装入灭菌的一次性层析柱或装入填有经用DEPC处理并经高压灭菌的玻璃棉的
巴期德吸管中, 柱床体积为0.5-1.0ml,用3倍柱床体积灭菌水冲洗柱床。柱床体积为1m的oligo(dT)-纤维素最大量为10mg总RNA,如果总RNA的量较少,则应减少oligo(dT)-纤维素的使用量以防止poly(A)+RNA在过柱以及后续步骤中损失。
3. 用无菌的1x层析柱加样缓冲液冲洗柱床直至流出液的pH值小于8.0。
1x层析柱加样缓冲液:20mmol/L Tris.Cl(pH7.6);0.5mol/L NaCl;1mmol/L EDTA(pH8.0);0.1%SDS
可按以下方法制备灭菌的层析柱加样缓冲液;将适量无RNA酶的Tris. Cl(pH7.6)、氯化钠和EDTA贮存液混合在15lbf/in2(1.034x105 Pa)高压下蒸气灭菌,待其次序却至65℃左右时加入已在65℃预热30分钟的10%SDS贮存液。也可以用0.05mol/L柠檬酸钠代替Tris.Cl 然后用DEPC处理柠檬钠-NaCL-EDTA和SDS的混合溶液。
4. 用灭菌水溶解RNA,于65℃温育5分钟后使迅速冷却至室温,加等体积的2x层析柱加样缓冲液,上样,立即用灭菌的试管收集洗液。 当所的RNA溶液均进入柱床后,加1倍体积的1x层析柱加样 ,继续收集洗出液。加热RNA可以破坏可能涉及poly(A)尾的二级结构。
5. 当全部溶液流出后,将收集液置于65℃温育5分钟,重新上样,并收集流出液。