PCR-ASO分型技术标准
1、引物设计由美国Perkin-elmer公司合成,引物末端标记有生物素
(1)扩增体系
10×PCR buffer 5μl
PCR引物 10μl
4×dNTP 10μl
Taq polymerase 0.25μl
DNA模板 10μl
D、W 14.75μl
Total 50μl
(2) 扩增程序(选用PE9600扩增仪)
变性 95℃ 30Sec
退火 63℃ 30Sec 32个循环
延伸 72℃ 30Sec
最后 72℃延伸10min
注意:扩增过程各设置阳性、阴性质控扩增。
2、扩增产物琼脂糖凝胶电泳检测
(1) 配制2%琼脂糖凝胶:4g琼脂糖溶于200ml×TBE缓冲液,微波炉中煮沸溶化使透明,冷却至60℃时加入10μl EB混匀;
(2) 将现配制好的琼脂糖溶化凝胶液灌入制胶模具,室温放置30分钟,使其冷却固化;
(3) 小心取出加样梳将已制好的凝胶放入水平式潜水电泳槽中,加1×TBE缓冲液使电极液高出胶面约1cm;
(4) 将标准DNA分子量Marker和DNA参照物,置于干热器孵育5分钟;
(5) 将DNA分子量Marker可见性DNA参照物及待测扩增样品5μl与上样缓冲液(loading buffer溴酚兰-二甲苯青兰)2μl混合后,按照从左向右顺序依次加入凝胶上样孔中;
(6) 150V电压电泳45分钟;
(7) 将电泳完毕的凝胶放置于紫外分析仪上,观察结果并照像,并与标准品对照,观察扩增效果。
3、LDLR、GYPA、HBGG、D7S8和GC五位点DNA杂交
(1) 流程示意:扩增DNA与固定在探针第六上的DNA探针杂交→洗涤除去非特异杂交的扩增DNA→HRP→SA与特异杂交的PCR产物结合→严格洗涤除去非特异结合的HRP-SA;
(2) 主要配制试剂
20×SSPE buffer(3.6M NaCl,200mM NaH2PO4·2H2O 20mM EDTA PH7.4)。
20% SDS
Hybridization Solution(5×SSPE,0.5% SDS)
Wash Solution(2.5×SSPE,0.1%SDS)
Enzyme Conjugate:HRP-SA
Chromogen:TMB Solution
(3) 探针设计:由美国Perkin-Elmer公司合成已制备成探针条。
4、操作步骤
(1) 准备
①打开干热器调温度至95℃;
②调节恒温水浴摇床温度至55.5℃,检查水量是否适合,放入H、S和W、S;
③95%乙醇清洗实验台面以及所以器械;
④用铅笔标记探针条。