PCR检测人COX病毒及其应用

PCR 检测人COX病毒及其应用 　　柯萨奇病毒(Coxsackie viruses简称Cox.病毒)是1948年Dalldorf等采用新生小鼠研究脊髓灰质炎病毒时，在纽约附近的Coxsackie分离发现的一种肠道病毒，属小RNA病毒科，可分为A、B二组.A组有23型(A1-22，24)，B组有6型(B1-6)，与A组的A9型有共同的组特异性抗原.Cox病毒可引起许多不同的临床症侯，甚至同一病毒可以引起不同的疾病(表1)，近年通过PCR 技术证明，除可导致脑炎、脑膜炎外，是心肌炎、心包炎的重要病原，其持续感染可能与特发性扩张型心肌病密切相关.本文简述PCR 技术在Cox病毒检测中的应用. 一、Cox病毒基因与PCR 引物设计 　　Cox病毒为肠道病毒属，其基因结构具有小RNA病毒科的共同特征(如图所示)，可分为衣壳蛋白基因区，无性繁殖功能区和非编码区，其5'-末端即位于衣壳蛋白基因外的碱基序列同其他小RNA病毒具有较高的交叉性.

病毒感染引起的主要临床症侯

主要临床症侯

组

主要型别

无菌性脑膜炎

A

2，4-7，9，10，12，16

B

疱疹性咽峡炎

A

1-6，8-10，16，21，22

急性上感

A

2，10，21，24

B

2-5

手口足病

A

16

流行性胸痛

A

4，6，8-10

B

1-5

心肌炎

B

2-5

心包炎

B

1-5

麻痹疾病

A

4，7，9

B

3-5 　　目前，根据Cox病毒基因的序列研究结果，人们选择高度保守的编码区和5'非编码区(如nts461-640)，已设计了多对引物，用于Cox病毒A组和B组的扩增及特异性扩增CoxB3病毒.但由于Cox病毒与其小RNA病毒基因之间有高度的同源性(70-90%，位于VP1基因)，目前设计的引物除CoxB3病毒特异性引物外，其余的引物均可用于扩增CoxA组和B组病毒，并同脊髓灰质炎病毒有较高的交叉反应.

Cox病毒PCR 扩增所用引物及探针

引物及

序列

位置

片段

意义

探针

(5'-3') (核苷酸)

(bp)

P1(＋)

CGGTACCTTTGTGCGCCTGT 64-83

414

用于扩增CoxA16，21

P2(－)

TTAGGATTAGCCGCATTCAG 459-478

CoxB1-6及

探针

TATTGAGCTAGTTGGTAGTCCTCCGG 430-455

P3(＋)

CAACTTAGGAGAAAGCTAGA 2745-2764

147

CoxB3特异性引物

P4(－)

CACCTGGTGGTACATACATA 2873-2892

探针

CGGTTCGACCTGGAGCTGAC 2781-2800

P5(＋)

GCAACTCCCATCACCTGTAC 6718-6737

186

CoxB2-4，PV1

P6(－)

ATCACATCATCAACCATATGC 6885-6904

探针

TACTTTGTGAGGGGTGGCAT 6750-6769

P7(＋)

TATGGTGATGATGTGATCGC 6889-6908

300

P8(－)

TCCCCGTTATGCCAAGCTAA 7170-7189

探针

TTGGATCCTTGGTCCATCTA 7115-7134

P9(＋)

TGCGGCTAATCCTAACTGCG 461-480

179

P10(－)

CCGGATGGCCAATCCAATA 621-640

探针

CGGTTCCGCTGCAGAGTTGC 522-541

二、标本的采集和处理 　　按常规方法收集鼻咽分泌物、粪便、心肌活检材料及脑脊髓液等标本后，应在0-4℃条件下立即送实验室，分装保存于-20℃或提取模板.由于体液和组织中RNase含量较高，影响制备病毒RNA，故在制备RNA前应按100Ul标本中加40U的RNase酶抑制RNasin. 三、模板RNA制备 　　1.酸性异硫氰酸胍-酚-氯仿法:适用于从心肌等活检标本或细胞培养标本.①先将标本(1.5mm3)或1×107 细胞研磨匀浆，加入1ml裂解液(4mol/L异硫氰酸胍-25mmol/L柠檬酸钠PH7.0，50mmol/L2-硫基乙醇，0.5%Sarkosyl)，混合后冰浴中作用15min.②分别加入1/10体积的2mol/L NaAc(PH4.0)，等体积饱和酚，2/10体积的氯仿，混合作用15S.③15000r/min离心15min，收集水相，加入等体积的异丙醇，1-20℃2h，再次离心，用75%乙醇洗一次，收集RNA沉淀. 　　2.酚-氯仿抽提法:适用于从体液标本中制备RNA.①取体液标本100 Ul于反应管中加入2%，使终浓度为0.5%，再与等体积的酚:氯仿(1∶1)混交，15000g离心15min，收集上层水相.②再向原反应管的有机中加入含0.5%SDS的TNE溶液(10mmol/L Tris-HCL PH7.5，100mmol/L NaCl，1mmol/L EDTA)，提取一次，同上离心，收集水相.③将两次收集的水相合并，加入NH4 AC溶液，使以浓度为2mol/L，加2.5倍体积的冷无水乙醇，-20℃置2h以上，15000g离心(4℃)30min，弃上清，收集沉淀，用20UlTE(PH7.5)稀释(含40U的RNasin). 四、逆转录 　　取5Ul RNA提取模板加入20Ul反应混合液(含50mmol/L Tris-HCl PH8.4，6mmol/LMgcl2 ，10mmol/L DTT，50mmol/L NaCl，250mmol/L的dATP，dCTP、dGTP、dTTP，1umol/L下游引物P2)及40U AMV逆转录酶;再加25-50Ul矿物油封顶后于42℃反应1h，使RNA逆转录为cDNA. 五、PCR 扩增 　　①取上述逆转录后的反应混合物20Ul，加PCR 反应液至100Ul反应体积.PCR 反应液含有终浓度为50mmol/L KCl，10mmol/L Tris-HCl PH8.4，1mmol/L MgCl2 ，100Ug明胶，引物1和引物各1U mol/L及四种dNTP各200U mol/L. 　　②混匀后，94℃水溶5min，冷至55℃. 　　③加入2.5U Taq聚合酶，振荡摇匀，用100 ul矿物油封顶. 　　④94℃变性2min，55℃退火2min，72℃延伸2min，重复35个循环.最后于72℃延伸10min. 　　⑤为提高某些标本检测的敏感性，可取第一次扩增产物1Ul，作模板，加入PCR 试剂进行第二次扩增(20-25个循环). 六、扩增产物的检测 　　(一)电泳法:取10Ul的PCR 产物于1%或2%琼脂糖凝胶上电泳，以EB染色显示PCR 产物，如出现与目的片段大小相同的扩增产物，则判为阳性. 　　(二)杂交法: 　　1.将PCR 产物与等体积的0.6mol/L NaOH混合，室温作用15min后，转移到尼龙膜上. 　　2.用100Ul 2mol/L，NH4 AC溶液中和后，将滤膜置真空炉中烘烤2h. 　　3.将膜置于5XSSC-1%SDS-0.5%BSA的缓冲液作预杂交. 　　4.再于含50U l0.4Umol/L碱性磷酸酶标记探针的预杂交液中，45℃，15min. 　　5.用1%SDS-1×SSC液及1%TritonX-100液100ml，先后各洗2次，再用1×SSC洗1次. 　　6.将滤膜浸入7.5ml碱性磷酸酶混合物中室温显色3-4h，然后双蒸水洗涤，终止反应. 七、应用和发展 　　目前，应用上述引物，可进行Cox病毒感染的诊断，特别是用CoxB3病毒的特异引物，扩增病人心肌活检标本中该病毒的核酸，具有很高的敏感性和特异性，同其他Cox病毒及小RNA病毒无交叉反应，并证明CoxB3是心肌炎的重要病原，同原发性扩张型心肌病密切相关，故随着此技术的深入应用，将有助于揭示上述心脏病的真正病因.当然，目前PCR 引物的设计还需进一步解决Cox病毒A组、B组特异性引物及型特异性引物问题，这样才能进一步用于临床诊断及分子流行病学的研究，同时也有助于了解Cox病毒变异的规律，为研制预防用的疫苗奠定基础. >

上一篇：扩增较大片段DNA的PCR方法 下一篇：PCR在DMS/BMD基因诊断中的应用