TA 克隆
原理
大部分耐热性 DNA 聚合酶在进行 PCR 反应时都会在 PCR 产物的 3’末端添加一个「A」,而T载体是两侧的 3’端添加了「T」的线性化载体,因此 PCR 产物可以直接与 T 载体进行连接。
用途
构建质粒。
材料与仪器
目的 DNA 或者 cDNA、引物、PCR 试剂(天根 KT211)
T 载体(Takara 6011)、琼脂糖、DNA 琼脂糖凝胶回收试剂盒
大肠杆菌、LB 平板和 LB 肉汤培养基、氨苄或者卡那抗生素、质粒抽提试剂盒
步骤
(1) PCR:按照 PCR 试剂说明书(天根 KT211),加入目的 DNA 或者 cDNA、引物、PCR 试剂、ddH2O 等,按照程序进行 PCR 扩增。注意所使用的酶可以在 3’端添加 A。参考体系如下:
程序如下:
扩增完成后,将 PCR 产物按 120 V 30 min 的条件进行琼脂糖凝胶电泳,一般情况下琼脂糖凝胶的浓度为 0.8%~1.0%。在核酸凝胶成像仪中观察目的条带,将目的凝胶切割下来,按照 DNA 琼脂糖凝胶回收试剂盒进行回收,获得目的 DNA 片段。
(2) 连接:按照 T 载体说明书(Takara 6011)进行连接,目的 DNA 片段与载体的摩尔比建议为 3:1 - 6:1,总质量控制在 100~200 ng,4 ℃ 连接过夜或者 16 ℃ 2~3 h。
(3) 质粒转化:从 -80 ℃ 冰箱取出感受态细胞(大肠杆菌,如 DH5α)置于冰上融化,加入连接产物轻轻混匀后放置冰上 30 min,42 ℃ 热激 45 s 后再放置于冰上静置 3 min,在超净工作台中加入无抗 LB 肉汤培养基 500 μL,轻轻混匀放置于 37 ℃ 摇床中 200 rpm 震荡培养 1 h 后,5000 rpm 离心 5 min 收菌,留约 100 μL 上清轻轻吹打混匀,均匀涂布接种于含抗生素的固体 LB 平板中,置于 37 ℃ 培养箱中正放 5 min 使液体被吸收,然后再倒置固体 LB 平板,继续在 37 ℃ 培养箱中培养 12~16 h 左右可出现单个菌落。
(4)质粒提取:挑取单个菌落于 1.5 mL EP 管中,振荡培养 1~2 h 后取一微升作为模板,进行菌液 PCR 验证,观察是否出现目的条带,进一步将上述验证正确的菌液,加入 5~20 mL 含抗生素的 LB 肉汤培养基,37 ℃ 摇床培养过夜(12~16 h),按照质粒抽提试剂盒进行提取,可以再次酶切或者测序验证。
注意事项
(1)若 PCR 产物不立即回收,应取出放在 4 ℃ 保存(短时间),或者也可琼糖凝胶电泳后切下目的片段条带,贮存于 -20 ℃(可放置时间较长),一般不建议 PCR 产物放置过久,最好直接电泳和回收。
(2)大部分高保真 DNA 聚合酶(如 Pfu DNA 聚合酶),因为具有校正活性,其扩增的 PCR 产物是没有「A」尾的 3’平末端,需要通过加「A」尾程序后才能进行 TA 克隆。
常见问题
阳性克隆少:可能连接不够充分,建议 4 ℃ 连接过夜,并使用 T 载体自带的阳性对照 DNA 作为阳性对照,以及用 ddH2O 代替 DNA 作为阴性对照。