新型的基因分型技术(SNP分型):巢式PCR-RFLP技术
随着生命科学迅猛的发展,与之相适应的实验技术手段越来越复杂和专业化,对于科研人员实验技能要求也越来越高。由于生物学实验高度的复杂性、使得一个科研人员往往只能精通某一方向的实验。因此许多生物技术公司应孕而生,他们提供了许多专业的服务,其中最常规的技术服务包括核酸、蛋白测序、引物合成,SNP分型,动物培养及转基因动物实验。
在国外,生命科学的研究已经初步形成了一个大型技术平台共享的研究形式,科研人员的主要工作是进行实验方案的设计、若干实验和实验数据的分析工作,而大量的基础性的实验工作则由相应的技术公司来完成,据不完全统计,2004年全美60%的SNP分型工作就是外包的生物技术公司完成。因为专业的技术公司在各自领域有着雄厚的技术背景和丰富的实验经验,试验成功率更高,实验数据也更可靠,这样科研人员也能够将主要精力放在真正的科研-实验设计和数据分析中去。
出具有针对性的SNP分型技术,“巢式PCR-RFLP”基因分型技术,不同于传统的只能对于有酶切位点的传统的SNP分型的技术,本公司开发的“巢式PCR-RFLP是针对任意的基因分型技术,使任何位点最终都能进行常规限制性内切酶鉴定;同时该SNP分型技术利用巢式PCR技术,使得多个位点同时进行分析称为可能。即使低浓度的DNA也能够进行快速准确的分型工作。 与现有常规的分型技术相比,其最大的优势包括:
(1)所需DNA浓度低。1-2 ng/uL 也能完成检测工作,而Taqman技术所需的DNA含量至少5 ng/uL。
(2)价格低。由于不需要合成荧光探针,使得该技术比Taqman技术价格低,该优势在对多个位点同时进行分型时更明显。
与Taqman技术和普通技术的详细对比
分型技术 PCR-RFLP技术 Taqman技术 普通PCR-RFLP技术
最佳运用时机 200-600样本,任何DNA多态位点 样本量大于500人份 仅适合含有现成酶切位点的多态位点的分型
试剂投入低荧光探针,需3000-4000元。有可能实验失败需重新花钱设计荧光探针。 低技术的适用性可适合任何多态位点的分型基本适合任何多态位点的分型,但有时若干位点不能成功进行试验;当分型位点过于接近也不能用该方法。仅适合含有现成酶切位点的多态位点的分型,有时出现的是一些稀有酶的酶切位点,导致效率低下或费用昂贵;
结果判断直观,明确,稳定间接,每管反应必须加荧光参照ROX,否则结果判断不确定 一般直观,明确;有时酶切位点出现在非主频等位基因上,导致结果判读困难结果稳定性 稳定 一般 稳定结果准确性 准确度高 一般准确度高样本消耗量1-2ng,5-10ng,50-100ng,实验耗时 2-3周 由于要定制MGB荧光探针,和预实验,也需要2-3周 2-3周。