PCR一般步骤
(一)总RNA提取 取液氮冻存脑组织置于玻璃匀浆器中,按100g:3ml的比例加入Trizol试剂,严格按照TrizolRNA提取试剂盒说明书的流程进行。 (1)加Trizol(按3ml/100mg组织,宁多勿少)置于玻璃匀浆器中匀浆后,冰浴10-15min。 (2)移入1.5mlEP管中,4ºC 13000g离心10min。 (3)上清液移至另一EP管中,室温放置10-15min。 (4)加入0.2ml氯仿/1mlTrizol,振荡15s,室温置5min。 (5)4ºC 12000g离心15min。 (6)仔细吸取上层水相,移至新的EP管中。 (7)加入0.5ml异丙醇/1mlTrizol,振摇,置室温10min。 (8)4ºC 12000g离心10min,EP管底部可见白色沉淀物。 (9)弃上清,纸巾吸干,加入75%乙醇1ml,振摇,充分洗涤沉淀。 (10)4ºC 11000g离心5min。 (11)吸尽乙醇,空气干燥10min(可离心加快干燥,尽量吸尽离心液体)。 (12)半透明时将RNA溶于去核酸酶的水20ul中(可吹打混匀),-20ºC冻存备用。 (13)所提取的总RNA用核酸蛋白分析仪分析RNA含量和纯度,所有标本260/280nm吸光度的比值均为1.8-2.0。 (14)取所提取的总RNA用1%琼脂糖凝胶电泳,显示出清晰的28s和18s两条rRNA。 (二)逆转录反应 DEPC水 9ul dig primer 1ul 5×buffer 4ul 10M dNTPmix 2ul RNA酶抑制剂 1ul 总RNA 2ul 70ºC 5min ********************************************************** 逆转录酶 1ul ********************************************************** 20ul 42ºC 60min(+?) 70ºC 10min 4ºC ∞ (三)PCR反应 DEPC水(可用高压双蒸水) 17.5ul 10×Taq buffer 2.5ul MgCl2 2.0ul 10M dNTP Mix 0.5ul 上游引物 0.5ul 下游引物 0.5ul Tap酶(5u/ul) 0.5ul 总CDNA 1.0ul ********************************************************* 25ul PCR仪参数设置 94 ºC 5min 94 ºC ? ºC 72 ºC 30s 45s 45s 72ºC 4ºC 7min ∞ (四)电泳 (1)20ml 0.5×TBE 0.3-0.4g琼脂糖 煮沸,配成1.5-2.0%琼脂糖凝胶(RNA为1.0%) (2)冷切至60 ºC,加入4ulEB,倒入槽中(8孔梳),室温冷切30min (3)拔梳,加入4ulPCR产物+1ul上样缓冲液 (4)电压100-135V (5)UVP成像系统观察 试剂配制 5×TBE配制方法(1L计) Tris-Base 54g 硼酸 27.5g EDTA 3.72g 加双蒸水至1L 2%琼脂糖凝胶配制方法 琼脂糖 0.4g 0.5×TBE 20ml EB 4ul 方法的改进版:室温冷切10min,放至4ºC冰箱20min 相关技巧 1、注意反应体系的一致,可分装 2、先P内参,检验CDNA的完整性 3、首先考虑退火温度 4、注意引物的设计 5、若目的条带无法到达指定位置,可先或晚于MAKER电泳 6、通过加量或减量PCR产物来达到灰度的调整 7、必要时可行标本间替代 8、可设计相应大小的内参来达到最终目的 9、2度水浴箱的妙用 10、必要时进行相关技术处理 |